Dies Kloster wurde ab 1277 für die Augustiner-Eremiten weitab vom damaligen Stadtkern erbaut und ist ein beeindruckendes Denkmal mittelalterlicher Ordensbaukunst. Die Klosterkirche entstand zwischen 1290 und 1350. Nach ca. 300 Jahren Bauzeit wurde Anfang des 16. Jahrhunderts die Klosterbibliothek fertiggestellt, die jedoch im Verlauf der Reformation zerstört wurde. Davon sind heute nur noch die Ruinen sichtbar.
Das Augustinerkloster steht in engem Zusammenhang mit der Reformation und der Person Martin Luthers. Es war im Juli 1507, als der junge Luther an die Pforte des Klosters klopfte, um sich den strengen Ordensregeln zu unterwerfen. Hier hoffte er die Antwort zu finden, wie ein gottgefälliges Leben zu leben sein. Bis 1511 lebte Martin Luther im Augustinerkloster, dann ging er nach Wittenberg.
Um 1560 wurde das Kloster nach dem Ableben des letzten Mönchs
säkularisiert.
Nach seiner Nutzung als Ratsgymnasium, Waisenhaus und Erfurter Unionsparlament, in dem Otto von Bismarck seine Karriere begann, wurden die Räumlichkeiten Mitte des 19. Jahrhunderts wieder zum Sakralbau geweiht.
Im Februar 1945 trafen englische Bomben die Klosteranlagen. Dabei fanden über 250 Menschen in den Kellern des Klosters den Tod. Nach dem Wiederaufbau in den 50er Jahren ist es erneut zu einer Stätte der Bildung und Begegnung gewachsen.
Von 2000 bis 2010 ist das ehemalige Kloster aufwendig restauriert und modernisiert worden. Im Zuge dessen wurde auch wieder eine Bibliothek errichtet. Seither dient es als ökumenisches Veranstaltungs- und Tagungszentrum sowie als Herberge für den ökumenischen Pilgerweg.
Am 23. September 2011 war Papst Benedikt XVI. im Rahmen seines Deutschlandbesuches hier zu Gast. Und im Lutherjahr 2017 war es eine wichtigen der Luther-Gedenkstätten der Stadt. Denn hier kann man die Dauerausstellung „Bibel-Kloster-Luther“ wie auch die Lutherzelle, in welcher Luther zu seiner Ordenszeit gewohnt hat, besichtigen.