Irische Benediktinermönche gründeten im 12. Jahrhundert ein heute nicht mehr vorhandenes Kloster und erbauten die Kirche St. Nicolai und Jacobi. Anfang des 16. Jahrhunderts ging die Anlage in den Besitz schottischer Missionare über. Auf deren Amwesenheit geht die Namensgebung der Kirche zurück.
Der ursprüngliche Kirchenbau war eine dreischiffige romanische Basilika mit Querhaus und zwei Türmen. 1472 fiel die Kirche einem Stadtbrand zum Opfer. Beim Wiederaufbau wurden Chor und Querschiff abgetragen. Von den Türmen wurde nur der Südturm wieder errichtet.

Bei Umbaumaßnahmen im 18. Jahrhundert ersetzte man die baufälligen Mauerwerksgewölbe durch ein Scheingewölbe aus Holz und setzte dem Turm eine neue Haube auf. Zudem erhielt die Kirche ihre barocke Westfassade und wurde neu geweiht.

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