1732 erblickte in der Stadt Erfurt ein Knabe das Licht der Welt, dem Musik in die Wiege gelegt schien. Es handelte sich um Johann Christian Kittel. Zum Schuljungen herangewachsen besuchte er erst die Predigerschule dann das Ratsgymnasium und es liegt nahe, dass hier der amtierende Organist und Professor Johann Jacob Adlung auf ihn aufmerksam wurde und sein musikalisches Talent förderte.

Im Alter von 16 Jahren verließ Johann Christian sein Elternhaus und ging nach Leipzig, um bei Johann Sebastian Bach das Orgelspiel und Komposition zu studieren. Nach drei Jahren endete seine Lehrzeit mit dem Tode Bachs (1751).
Kittel erhielt eine Anstellung als Schulmeister in Langensalza, wo er auf Dorothea Friederike Fröhmer traf, ein Mädchen aus wohlhabendem Hause, das er im nächsten Jahr ehelichte.
1756 erhielt er die Chance nach Erfurt zurückzukehren. Für sechs Jahre diente er in der Barfüßerkirche als Organist, bevor er nach Adelungs Tod an die Predigerkirche wechselte.

Zeit seines Lebens konzentrierte er sich vorrangig auf das Orgelwerk und pflegte die Bachsche Tradition. Doch es lassen sich auch Elemente der damals modernen Klavierkunst Haydns und Mozarts in seinen Kompositionen erkennen.
Goethe, Herder und Wieland besuchten seine Abendmusiken. Anna Amalia ließ ihn oft nach Tieffurt in ihre Sommerresidenz holen, um mit ihm zu musizieren.

Johann Christian Kittel gilt nicht nur als letzter und bedeutendster Bach-Schüler, sondern bewies sich auch als fähiger Lehrmeister. Er unterrichtete seinen Nachfolger M. G. Fischer, seinen Neffen J. Wilhelm Häßler sowie K. G. Umbreit und J. Ch. H. Rink, weshalb man ihn auch den „Thüringer Organistenmachermeister" nannte. Durch sein Wirken und seine Lehrtätigkeit hielt sich die Blüte der Orgelmusik in Thüringen länger als andernorts.

Am öffentlichen Musikleben, das ab 1771 durch Dalbergs Einfluss kurz auflebte, nahm Kittel kaum teil. Zwar weilte er oft als Gast im Hause Dacherröden, lebte ansonsten aber recht bescheiden und zurückgezogen. Die Einladung Herzogin Anna Amalias zu einer Italienreise gemeinsam mit Goethe und Herder 1790 schlug er aus.

Als die Napoleonischen Truppen 1806 Erfurt besetzten, wurde die Predigerkirche als Soldatenquartier und Heumagazin gebraucht. Kittels Lebensverhältnisse verschlechterten sich. Er widmete sich der Veröffentlichung seiner Kompositionen und lebte die letzten Jahre in der Pilse im Hause des Notars Strigelius. Dort starb er nach zweimonatiger Krankheit.